Los inicios del Mercado San Felipe Neri datan de 1914. Localizado en la entonces Avenida Norte, actualmente la avenida Eloy Alfaro, entre las calles 12 y 13 este, el Mercado se encontraba a un costado de un puerto de naves de donde salían barcos hacia Chiriquí, la región de Azuero, Darién y las islas del golfo de Panamá.

En 1961, El Municipio de Panamá decidió hacerse cargo de la Administración del Mercado, y en el año 2006 la Alcaldía de la ciudad de Panamá inauguro el nuevo Mercado Publico, de nombre San Felipe Neri. La obra tuvo un costo de 1.8 millones y se encontraba en la antigua estación de ferrocarril de Avenida B.

El 17 de mayo de 2017, se cierra el Mercado para su remodelación y los arrendatarios son trasladados a una galera temporal que abrió sus puertas el 18 de mayo de 2017, ubicado en dirección final de Avenida Balboa entre la parada de buses y Cochez.

El nuevo San Felipe Neri será un Mercado moderno de segunda generación mucho más moderno, más grande que contara con disposición de los residuos de forma soterrada, mayor seguridad y salubridad. El mercado inaugura este año 2020 bajo la Administración del Alcalde José Luis Fábrega. Dentro del Mercado San Felipe Neri se encuentran a la venta productos como: Vegetales y frutas, carne, pollo, cerdo y además cuenta con abarroterías y fondas.